Durante la época colonial mantuvo siempre mucha importancia tanto política como económica por albergar a la capital del Virreynato, la ciudad de Lima, también llamada en aquella época Ciudad de los Reyes.
El departamento fue creado el 4 de agosto de 1821 por decreto del Protector José de San Martín. Originalmente abarcaba sus actuales 10 provincias y la Provincia Constitucional del Callao, la cual fue escindida en 1836 para ocupar el régimen especial de Provincia Litoral.